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Philippe URBAN

 

Philippe URBAN

Chargé de Recherche

CR CNRS

EAD 11

+33 5 6704 8807

INSA de Toulouse 135 avenue de Rangueil

31077 Toulouse cedex 4

FRANCE

urban@insa-toulouse.fr

 

CV

 

Born Sep 16, 1958

Chercheur au CNRS depuis octobre 1984

Chargé de recherche de première classe depuis 1990

Institut National des Sciences Biologiques, Section 20

 

Cursus universitaire

 

Juin 1978

Juin 1980

Juin 1980

Mai 1983

Mars 2002

DUT, Université de Créteil Paris XII, Biologie Appliquée option IAB

Maîtrise de Biochimie, Université d’Orsay Paris XI

DEA de Biochimie-Enzymologie, Université d’Orsay Paris XI

Doctorat de 3ème Cycle en Biochimie, Université d’Orsay Paris XI

Habilitation à Diriger les Recherches, Université de Paris-Orsay

Cursus professionnel

 

Mai 1983

Oct 1984

 

Juin 1985

Avril 1988

Mars 1989

 

Juin 1990

 

1998-1999

 

Depuis 1999

Juillet 2011

Octobre 2011

Soutenance de la thèse de Doctorat de 3ème cycle en Biochimie

Nomination au CNRS (CR2) dans le laboratoire de Florence Lederer au Centre de Génétique Moléculaire du CNRS (UPR 2420, Directeur : Piotr Slonimski).

Titularisation au CNRS.

Mise à disponibilité pour convenance personnelle pour un an.

Ré-intégration dans le personnel actif du CNRS, toujours dans le laboratoire de Florence Lederer à l’Hôpital Necker.

Promotion au poste de Chargé de recherche de première classe (CR1) dans le laboratoire de Denis Pompon au Centre de Génétique Moléculaire à Gif.

Séjour sabbatique à l’Université Emory d’Atlanta en tant que boursier OTAN Laboratoire du Professeur Dale E. Edmonson, Department of Biochemistry, Emory University School of Medicine, Atlanta GA, USA.

Retour dans le laboratoire de Denis Pompon à Gif.

Affectation au LISBP CNRS UMR5504 à Toulouse.

Déménagement du CGM et emménagement au LISBP

 

RECHERCHE

 

Recherche fondamentale

 

La compréhension des propriétés dynamiques et de la plasticité des protéines qui contrôlent les fonctions est un objectif important de la biologie. Cet objectif est particulièrement délicat à atteindre surtout dans le cas des enzymes membranaires qui sont difficilement cristallisables. Ce projet se fixe comme but de lever un coin du voile sur cette plasticité à partir d’une classification des liens statistiques existant entre la diversité enzymatique et la diversité des séquences.

Pour ce faire, nous avons développé une approche d’enzymologie qui consiste à croiser deux combinatoires (enzymologie combinatoire) :

  • la première combinatoire est issue de la recombinaison aléatoire ou, plus récemment, ordonnée entre des protéines d’une même famille génique ce qui produit une banque de structures primaires mosaïques, seules les séquences fonctionnelles sont retenues ;
  • la seconde combinatoire est formée par une collection de substrats dont les structures dérivent les une des autres par modification ponctuelle et graduelle de groupements substituants chimiques sur un squelette chimique commun.


Chaque enzyme mosaïque est testée avec chaque variant de substrat ce qui donne à la fin une matrice d’activités enzymatiques analysée ensuite avec une collection d’outils statistiques afin d’associer telle combinaison de segments de séquence ou même de motifs structuraux à telle probabilité de contribution à la spécificité de substrat. L’idée serait d’aboutir à des règles permettant in fine de calculer, et donc de prédire, que telle ou telle combinaison de séquences en acides aminés métabolisera tel substrat avec telle probabilité. Il s’agit donc d’établir un lien quantitatif entre des propriétés qualitatives assez abstraites pour le moment, pour mettre en évidence les combinaisons de déterminants structuraux qui contrôlent l’adaptabilité et la polyvalence des processus de reconnaissances enzyme-substrat.

 

Projets scientifiques financés auxquels je participe

  1. Le projet GlycoFlav : glycosylations multiples à façon de flavonoïdes fonctionnalisés (ingénierie protéique et métabolique). Je codirige avec Sandrine Morel de l’EAD 1 du LISBP avec un financement sur deux ans (2012-2014).
  2. Le programme BiMeComb (ingénierie génomique). Ce projet a été retenu et financé sur trois ans (2012-2015) par le département CEPIA de l’INRA.
  3. Le projet CarboYeast (ingénieries protéique et métabolique) avec un financement sur deux ans (2012-2014).

 

 

ENSEIGNEMENT

Avant d’être localisé au LISBP, j’ai assuré plusieurs missions d’enseignement vacataire chaque année à l’Université de Paris-Est-Créteil (licence-pro SIAL et IUT Génie Biologique 2nde année : IAB). Environ 50 h équivalent-TD chaque année.

 

J’assure aussi ponctuellement, comme en juillet 2012, des missions de l’AUF (Agence Universitaire de la Francophonie) pour évaluer et participer à des jurys de fin d’études d’élèves ingénieurs.

A partir de décembre 2012 j’assurerai une mission d’enseignement à l’ITC de Phnom-Penh dans le cadre d’un Master AIE sous la tutelle de l’AUF. L’enseignement portera sur la biotechnologie moléculaire et s’articulera autour de six thèmes (de 5 à 6 heures chacun) :

  • les bases de l’ingénierie moléculaire (technologie des ADN recombinants)
  • les bases de l’enzymologie et enzymes industriels
  • capteurs et réacteurs enzymatiques
  • les couleurs de la biotechnologie
  • les OGM : production, utilisations et limitations.

 

PUBLICATIONS

 

Urban P, Truan G and Pompon D (2008) High-throughput enzymology and combinatorial mutagenesis for mining cytochrome P450 functions. Expert Opin. Drug Metab. Toxicol. 4, 733-747.

Pompon D, Truan G and Urban P (2008) Ingénierie des cytochromes P450. Biofutur. 34-38.

Urban P, Truan G and Pompon D (2009) Differences in functional clustering of endogenous and exogenous substrates between members of the CYP1A subfamily. The Open Drug Metabolism Journal. 3, 17-30.

Urban P, Berhendt L, Woodin BR, Goldtsone JV, Pompon D, Stegeman JJ (2012) Catalytic characterization of five zebrafish cytochromes P450 1 (CYP1) proteins expressed in yeast. Submitted.

Britto-Palma, Silva e Sousa M, Urban P, Rueff J, Kranendonk M (2012) Functional characterization of eight human CYP1A2 variants: the role of cytochrome b5. Submitted.