logo Insalogo Insa

Plateau technique d’écologie quantitative et fonctionnelle

La mission générale du plateau technique d'écologie quantitative et fonctionnelle est de mettre en œuvre et développer des techniques analytiques afin de caractériser la composition, l’organisation et l’activité de modèles simples binaires aux écosystèmes complexes et comprendre les phénomènes d’interactions qui s’y déroulent.

 


Un plateau transversal créé dès 2006 

 

Le plateau technique d'écologie quantitative et fonctionnelle a été créé dès 2006 au Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés. L’objectif de ce plateau, qui se positionne de façon transversale au LISBP et concerne les activités de plusieurs équipes, est entre autres de capitaliser et d’adapter les savoir-faire. Le plateau est là en tant que conseil et accompagnement pour le choix et la mise en œuvre de méthodologies d’étude d’écosystèmes complexes.

 

Domaines de compétences

  • Mise au point et développement de méthodologies d’étude des écosystèmes visant à :

- La localisation et l’identification des micro-organismes

- Leur quantification

- L’analyse des fonctions

- L’identification et la caractérisation des mécanismes d’interactions

  • Veille bibliographique pour la mise en place de nouvelles méthodologies
  • Conseil, expertise et encadrement :

- Formation de doctorants et post doctorants aux techniques et à l’utilisation des équipements

- Aide à l’interprétation des résultats

- Accompagnement expérimental

  • Contribution et participation à des projets de recherche :

- Conseil : sélection et mise en œuvre de méthodologies d’analyse

- Réalisation d’expérimentations en autonomie ou en collaboration avec des chercheurs
 

Technologies et équipements

 

  • Marquage FISH ou lectine
  • PCR quantitative, PCR
  • Coupe en cryomicrotome
  • Double réacteur à membrane
  • Constructions de souches auto fluorescentes

 

Exemples de projets où le plateau apporte ses compétences

 

 Projets terminés

  • Organisation et interaction de Lactococcus lactiset Staphylococcus aureus en matrice gélosée ou fromagère modèle (en collaboration avec P. Loubiere et S. Nouaille).
  • Optimisation d’un double bioréacteur à membranespour l’étude des interactions microbiennes (en collaboration avec C. Lafforgue).

Projets en cours

  • Construction de Lactocoques et Lactobacilles fluorescents GFP (en collaboration avec P. Loubiere et S. Nouaille).
  • Compréhension mécanistique et multi-échelles des interactions flore microbienne/mucus intestinal – Application à la bactérie lactique L. farciminis (en collaboration avec P. Loubiere et M.Mercier Bonin).
  • Etude de l'effet de l'hydrodynamique sur la structure des agrégats biologiques :application aux flocs et granules aérobie (en collaboration avec M. Spérandio et Y. Bessieres).