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Génome et Transcriptome (GeT) - Biopuces

Proposer un service adapté à vos projets en génomique & transcriptomique, conseiller, former et animer un réseau scientifique,procurer aux utilisateurs les outils nécessaires, les plus performants, répondre au mieux aux attentes des laboratoires publics et privés.

 

Actualités de la plateforme

Une plateforme dédiée aux biopuces et un réseau toulousain Génome & Transcriptome

Créée en 1999 et implantée sur le site de l’INSA Toulouse, la plateforme Biopuces est une concrétisation de la démarche pionnière initiée au sein du LISBP en matière de valorisation et de multidisciplinarité. Intégrée dans la dynamique nationale mise en place autour des technologies du génome, la plateforme allie les savoir-faire et les équipements permettant de produire des biopuces pangénomiques ou à façon et de réaliser des expériences de génomique et transcriptomique.

 

Labellisée au niveau national comme Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie au sein du GIS IBISA, la plateforme, certifiée ISO 9001 depuis mai 2010 et NFX50-900 depuis mai 2016, est ouverte à la communauté scientifique publique et privée.

 

5 personnes travaillent actuellement sur la plateforme. Sur le site toulousain, la plateforme Biopuces est l'un des membres fondateurs de la plateforme GeT (Génome et Transcriptome) qui fédère 2 plateformes et 3 plateaux techniques de haut niveau. Deux sites sont dédiés au séquencage, GeT-PlaGe (séquencage haut débit de nouvelle génération NGS- Technologie Illumina et PacBio) et GeT-Purpan (séquencage Sanger et NGS petit débit sur Technologie Ion Torrent), un plateau GeT-TQ dédié à la transcriptomique quantitative, un plateau GeT-TRIX dédié à l’analyse de données sur puces Agilent du pôle toxicologie alimentaire de Tournefeuille et la plateforme GeT-Biopuces dédiée aux expériences sur microarrays Affymetrix et Agilent ainsi qu'au séquençage petit et moyen débit  (Technologie Ion Torrent) pour des analyses génomiques, épigénétiques (CHIP-seq)et transcriptomiques.

 

Biopuces made in Toulouse

Spécialisée dans la production, l’analyse et le développement de biopuces à ADN la plateforme a trois missions : 

  • Une mission de R&D menée dans le cadre de programmes de recherche pluridisciplinaires associant des spécialistes de micro, nanotechnologies et de chimie, s’intéressant aux problématiques de biopatterning ainsi que de biodétection et visant la mise au point de biopuces de nouvelle génération. Une spin-off a été créée à partir de ces développements technologiques brevetés : DendriS, avec laquelle nous continuons à collaborer étroitement.
  • Une mission de service à travers la mise à disposition des outils et des compétences permettant de concevoir des puces à ADN à façon, de conduire des analyses de transcriptomique ou génomique tout en menant à bien des expérimentations d’hybridations et d’interactions moléculaires sur divers systèmes biologiques. En complément de ce service, une prestation d'analyses statistiques utilisant le logiciel R et les packages Bioconductor, permet de fournir aux clients une liste de gènes statistiquement fiable en ayant préalablement réalisé les contrôles qualités des hybridations.
  • Une mission de formation proposée chaque année, sur la technologie des microarrays et le séquençage de nouvelle génération. Vous trouverez toutes les informations dans le catalogue (pages respectives 12 et 14 )

 

Le Séquencage de nouvelle génération

La plateforme GeT-Biopuces met à votre disposition le séquenceur de nouvelle génération S5 (LifeTechnologies) financé en collaboration avec TWB. Le principe du séquençage repose sur la détection d'ions H+ au moment de l'incorporation des bases. L'absence de molécules fluorescentes rend cette technologie plus rapide (4h environ) et moins coûteuse.  Grâce à ses trois puces de différentes tailles (520, 530 et 540 ; respectivement 2-5 et 15Gb de données), il permet un séquençage plus flexible, plus rapide (entre 2h30 et 5h) et donc plus économique. Il est recommandé pour vos projets à bas et moyen débit sur tout type d’organisme même les plus inhabituels.Parmi les applications disponibles, nous proposons :

 

  • Le séquençage de novo : séquençage de l’ADN d’un organisme n’ayant pas de génome de référence
  • Le reséquençage : séquençage de l’ADN d’un organisme ayant un génome de référence
  • Le RNAseq : réalisation d’étude transcriptomique par séquençage de l’ARN
  • Le séquençage des microARN
  • L’ampliSeq : séquençage de régions ciblées du génome (ex : gènes impliqués dans certains cancers) ou du transcriptome (ex : exome)

 

 

Domaines de compétences & Prestations

Ouverte à la communauté scientifique académique et privée sous la forme de contrats de services (80% de l’activité) ou de collaborations de R&D, la plateforme Biopuces est apte à réaliser toute expérience autour des biopuces et du séquençage depuis le design et le dépôt des sondes jusqu'à l'analyse statistique des données ou l'analyse bioinformatique des données de séquençage. La plateforme Biopuces propose un savoir-faire dans le design des sondes et une expertise reconnue dans les technologies de séquençage de seconde génération (notamment sur le S5 / Life Technologies), les microarrays de type Agilent, Affymetrix et puces à façon dont la finalité peut être pour le transcriptome (ARNm et micro ARN), le génotypage (CGH-arrays), l’analyse de la régulation de l'expression des gènes (épigénétique) ou le diagnostic, sur tout système biologique (microbiens, plantes, animaux, humains) et pour des applications en santé humaine, santé animale, microbiologie, agronomie et environnement.

 

Exemples de prestations :

  • Microarrays : design de sondes, conception de puce à façon, marquage et hybridation, scan
  • Séquençage :  ribodéplétions, fabrication des librairies (Illumina, Ion Torrent), run sur S5
  • Analyses statistique et bioinformatique. Nous réalisons les analyses  de vos données suite à une prestation réalisée avec notre plateforme  ou  provenant d’ailleurs (autre plateforme, collaboration, prestation externe)